Située dans le comté de Clarke, Stone's Chapel remonte à la fin des années 1700, lorsque la région faisait encore partie du comté de Frederick. À partir d'une ancienne église en bois, aujourd'hui disparue, Stone's Chapel a accueilli des paroissiens germanophones et anglophones, servis par des ministres luthériens, réformés allemands et presbytériens. Le bâtiment actuel en briques a été construit en 1848, probablement dans un style néo-grec vernaculaire, par une communauté multiconfessionnelle. Jusqu'à la fin des années 1800, les congrégations luthériennes, réformées allemandes et presbytériennes - les principaux groupes protestants qui dominaient dans la vallée de la Shenandoah en Virginie - se partageaient l'église. Le cimetière et l'église reflètent ainsi l'héritage des colons allemands et écossais qui se sont installés dans la partie nord-ouest de Clarke depuis le Maryland et la Pennsylvanie après la fin de la Révolution américaine. Le bâtiment évoque également les débuts de l'histoire de la Virginie, lorsque les confessions protestantes les moins riches devaient mettre en commun leurs ressources pour construire et entretenir les églises et les cimetières. Sur le site 1886, l'église presbytérienne Stone's Chapel a été créée et la congrégation réformée allemande s'est dissoute, tout comme la congrégation luthérienne sur le site 1899. À l'adresse 1905, l'amélioration de la situation financière de l'église et de ses fidèles se traduit par l'ajout d'une salle de sabbat et d'une tour de vestibule, ainsi que par l'installation de vitraux commémoratifs dans le sanctuaire. Les plus anciennes sépultures marquées dans le cimetière de Stone's Chapel datent de 1816.